Jednym z ważniejszych i jednocześnie najdroższych zadań projektu jest ochrona letnich stanowisk nietoperzy zlokalizowanych w 8 zabytkowych obiektach sakralnych (kościoły w Szyku, Ropie, Izbach, Szczawnicy, Łukowicy, Wojkowej, Florynce oraz budynek dawnej plebanii w Krościenku n/Dunajcem) poprzez remonty ich dachów. Ponadto zaplanowane jest wykonanie platform na guano w kościele w Szczawnicy oraz w klasztorze (wraz z kościołem) w Szczyrzycu. Na wszystkich wymienionych powyżej stanowiskach przeprowadzone zostaną również drobne prace konserwacyjne, polegające m.in. na naprawie uszkodzonych elementów zabezpieczających kolonię (np. wlotów), sprzątaniu odchodów, wymianie folii na platformach itp. Jednocześnie wokół obiektów będą podejmowane działania mające na celu poprawę funkcjonowania tras migracji nietoperzy, głównie poprzez pielęgnację istniejącej zieleni, dosadzanie drzew oraz optymalizację oświetlenia. Wszystkie prace remontowe zostaną wykonane w taki sposób, aby umożliwić nietoperzom dalsze bytowanie w jak najbardziej sprzyjających dla nich warunkach. Większość opisanych działań będzie miała również wpływ na polepszenie komfortu życia dla lokalnych społeczności. Lista i krótki opis poszczególnych obiektów sakralnych objętych projektem znajduje się w zakładce „Obiekty zabytkowe”.

W ramach projektu planowane jest także zabezpieczenie wejścia do jaskini w rezerwacie przyrody "Diable Skały" poprzez zainstalowanie w niej kraty. Ma to na celu wyeliminowanie niekontrolowanego penetrowania wnętrza jaskini będącej zimowym miejscem schronienia nietoperzy, głównie podkowca małego, a także m.in. nocka dużego i nocka orzęsionego.

Druga grupą przewidzianych w projekcie działań jest czynna ochrona płatów siedlisk kserotermicznych w 17 obszarach Natura 2000 w okolicach Miechowa. Murawy kserotermiczne są jednymi z najbogatszych pod względem florystycznym zbiorowisk roślinnych w Polsce. Występuje tu wiele roślin chronionych i rzadkich w skali kraju, w tym m.in. liczne gatunki storczyków. Murawy rozwijają się wyłącznie na podłożu o wysokim odczynie gleby (na skałach węglanowych lub gipsach), w miejscach gdzie w sezonie wegetacyjnym panują ekstremalne warunki mikroklimatyczne (bardzo gorąco, a przez to także wyjątkowo sucho). W Polsce siedliska te mają charakter półnaturalny, co m.in. oznacza, że są ściśle uzależnione od regularnego wykonywania określonych zabiegów gospodarczych. Wykształciły się one w wyniku trwającego wiele stuleci, specyficznego sposobu użytkowania, w którym szczególnie istotną rolę pełnił wypas zwierząt gospodarskich (głównie, choć nie tylko, owiec i kóz). W przypadku braku jakiejkolwiek ingerencji murawy, podobnie jak łąki, w szybkim czasie spontanicznie zarastają krzewami. Proces ten zwany jest sukcesja wtórną. Do niedawna, głównie ze względu na niską opłacalność, większość płatów muraw kserotermicznych nie była w żaden sposób użytkowana, przez co stały sie one jednym z najbardziej zagrożonych typów siedlisk przyrodniczych w Polsce, a także w całej Unii Europejskiej.

Jednym z podstawowych zadań projektu jest przywrócenie tradycyjnego wypasu (wraz z koszeniem tzw. niedojadów), a w płatach najbardziej zarośniętych również przeprowadzenie zabiegów karczowania i wycinania roślinności krzewiastej. Dzięki staraniom Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Krakowie, na większości obszarów zabiegi ochrony czynnej (w tym wypas) rozpoczęto już wcześniej, w ramach realizacji projektów: „Utrzymanie bioróżnorodności siedlisk kserotermicznych w Małopolsce” POIS. 05.01.00-00-032/08 oraz LIFE12 NAT/PL/000053 „Ochrona siedlisk kserotermicznych w obszarach Natura 2000 na Wyżynie Miechowskiej”. Możliwość wykonania zabiegów ochronnych jest jednak uzależniona od dobrowolnej zgody właścicieli, gdyż większość płatów muraw położona jest na gruntach prywatnych.

Projekt „Ochrona zagrożonych gatunków i siedlisk chronionych w ramach sieci Natura 2000 w Małopolsce” jest współfinansowany przez Unię Europejską ze środków Europejskiego Funduszu Spójności w ramach Programu Infrastruktura i Środowisko