Wydział Ochrony Przyrody i Obszarów Natura 2000 (OP)
Realizuje zadania z zakresu ochrony przyrody, w tym koordynuje funkcjonowanie obszarów Natura 2000 oraz zarządza rezerwatami przyrody. Prowadzi postępowania mające na celu uzgodnienie projektów dotyczących zagospodarowania przestrzennego w części dotyczącej obszaru Natura 2000, rezerwatu przyrody, parku krajobrazowego i obszaru chronionego krajobrazu. Prowadzi także postępowania w sprawie uzgodnienia decyzji o ustaleniu lokalizacji inwestycji celu publicznego oraz decyzji o warunkach zabudowy w odniesieniu do obszarów objętych ochroną prawną. Realizuje zadania z zakresu ochrony gatunkowej, siedlisk przyrodniczych i obszarów chronionych, ochrony zadrzewień oraz wdrażania polityki ekologicznej państwa w tym zakresie. Prowadzi postępowania administracyjne w sprawach zezwoleń na odstępstwa od zakazów obowiązujących w stosunku do chronionych gatunków roślin, zwierząt i grzybów. Przygotowuje akty prawa miejscowego Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Krakowie w formie zarządzeń, ustanawiające plany zadań ochronnych dla obszarów Natura 2000, plany ochrony dla obszarów Natura 2000 i rezerwatów przyrody. Szacuje szkody wyrządzone przez zwierzęta objęte ochroną gatunkową.

Wydział Ocen Oddziaływania na Środowisko (OO)
Prowadzi postępowania administracyjne w sprawach ocen oddziaływania na środowisko przedsięwzięć mogących znacząco oddziaływać na środowisko (planowanych inwestycji). Prowadzi także postępowania w sprawie strategicznych ocen oddziaływania na środowisko skutków realizacji planów zagospodarowania przestrzennego oraz innych planów, strategii, programów.

Wydział Zapobiegania i Naprawy Szkód w Środowisku oraz Informacji o Środowisku i Zarządzania Środowiskiem (ZS)
Realizuje zadania z zakresu zapobiegania szkodom w środowisku i ich naprawie. Przyjmuje zgłoszenia o bezpośrednim zagrożeniu szkodą w środowisku lub o wystąpieniu szkody w środowisku. Prowadzi postępowania administracyjne w sprawach nakładania obowiązku przeprowadzenia działań zapobiegawczych i naprawczych, uzgadniania warunków prowadzenia działań naprawczych. Podejmuje działania zapobiegawcze lub naprawcze, gdy nie można zidentyfikować sprawcy szkody lub gdy z uwagi na zagrożenie dla życia lub zdrowia ludzi lub możliwość zaistnienia nieodwracalnych szkód w środowisku konieczne jest natychmiastowe podjęcie tych działań.
Dokonuje wpisów do rejestru historycznych zanieczyszczeń powierzchni ziemi oraz do rejestru bezpośrednich zagrożeń szkodą w środowisku i szkód w środowisku. Ponadto, prowadzi postępowania w trybie ustawy Prawo ochrony środowiska związane z historycznymi zanieczyszczeniami powierzchni ziemi, w tym ustala plany remediacji, przyjmuje zgłoszenia historycznych zanieczyszczeń powierzchni ziemi od władających powierzchnią ziemi.
Prowadzi publicznie dostępny wykaz danych o dokumentach zawierających informacje o środowisku i jego ochronie, obsługuje Biuletyn Informacji Publicznej, udostępnia informacje o środowisku.

Wydział Organizacyjny (WO)
Do kompetencji Wydziału należy obsługa organizacyjna, administracyjna, kadrowa i informatyczna urzędu.

Wydział Finansów i Budżetu (FB)
Do kompetencji Wydziału należy obsługa finansowa i płacowa urzędu.

Wydział Spraw Terenowych w Tarnowie (ST-I) (powiaty: bocheński, brzeski, dąbrowski, tarnowski, Miasto Tarnów)
Prowadzi postępowania administracyjne w sprawach ocen oddziaływania na środowisko przedsięwzięć mogących znacząco oddziaływać na środowisko (planowanych inwestycji). Prowadzi także postępowania w sprawie strategicznych ocen oddziaływania na środowisko skutków realizacji planów zagospodarowania przestrzennego oraz innych planów, strategii, programów. Prowadzi postępowania mające na celu uzgodnienie projektów miejscowych planów zagospodarowania przestrzennego w części dotyczącej obszaru Natura 2000, rezerwatu przyrody, parku krajobrazowego i obszaru chronionego krajobrazu. Prowadzi także postępowania w sprawie uzgodnienia decyzji o ustaleniu lokalizacji inwestycji celu publicznego oraz decyzji o warunkach zabudowy w odniesieniu do obszarów objętych ochroną prawną. Realizuje zadania z zakresu ochrony gatunkowej, siedlisk przyrodniczych i obszarów chronionych oraz ochrony zadrzewień. Prowadzi postępowania administracyjne w sprawach zezwoleń na odstępstwa od zakazów obowiązujących w stosunku do chronionych gatunków roślin, zwierząt i grzybów. Szacuje szkody wyrządzone przez zwierzęta objęte ochroną gatunkową.

Wydział Spraw Terenowych w Starym Sączu (ST-II) (powiaty: gorlicki, limanowski, nowosądecki, Miasto Nowy Sącz)
Prowadzi postępowania w sprawie strategicznych ocen oddziaływania na środowisko skutków realizacji planów zagospodarowania przestrzennego oraz innych planów, strategii, programów. Prowadzi postępowania mające na celu uzgodnienie projektów miejscowych planów zagospodarowania przestrzennego w części dotyczącej obszaru Natura 2000, rezerwatu przyrody, parku krajobrazowego i obszaru chronionego krajobrazu. Prowadzi także postępowania w sprawie uzgodnienia decyzji o ustaleniu lokalizacji inwestycji celu publicznego oraz decyzji o warunkach zabudowy w odniesieniu do obszarów objętych ochroną prawną. Realizuje zadania z zakresu ochrony gatunkowej, siedlisk przyrodniczych i obszarów chronionych oraz ochrony zadrzewień. Prowadzi postępowania administracyjne w sprawach zezwoleń na odstępstwa od zakazów obowiązujących w stosunku do chronionych gatunków roślin, zwierząt i grzybów. Szacuje szkody wyrządzone przez zwierzęta objęte ochroną gatunkową.

Struktura organizacyjna Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Krakowie